Na década de 1990, a pecuária era a atividade com maior expressão espacial na bacia, contribuindo de forma importante para a economia local, mesmo apresentando níveis tecnológicos baixos, inferiores à média estadual, ocorrendo desde pecuária semi-intensiva até a mais tecnificada, e áreas de pastagens com diferentes níveis de degradação. Na região, verifica-se pecuária bovina de corte e de leite.
Somando os efetivos dos municípios que integram a bacia hidrográfica, foi registrado um total de 1.684.503 bovinos em 2000, e de 2.028.824 em 2019; entre os quais 283.236 vacas ordenhadas em 2000 e 223.357 em 2019. Assim, enquanto o efetivo do total de bovinos aumentou 20,4% no período, o de vacas ordenhadas caiu 21,1%.
O rebanho suíno vinha em segundo lugar em termos de efetivo animal, seguido pelos rebanhos de equinos, muares, caprinos e ovinos, além da criação de aves e coelhos.
Entre os anos 2000 e 2014, verificou-se aumento considerável da produção de leite na bacia, tendo variado entre 199,037 milhões de litros em 2000 até 329,770 milhões de litros em 2014. Entre 2014 e 2016, ocorreu queda da produção de leite, chegando a 263,070 milhões de litros em 2016. A partir desse ano, foi verificada tendência média de aumento anual da produção de leite na bacia, tendo a chegado a 370,656 milhões de litros de leite produzidos em 2019. Em 2019, o valor da produção de leite foi de R$ 39,411 milhões. O valor médio do litro de leite vendido apresentou tendência média de aumento durante o período de 2000 a 2019, tendo quase que aumentado quatro vezes, o que impulsionou o aumento do valor da produção, além do aumento da produção em si durante o período. O valor médio do leite vendido em 2000 era de R$ 0,2862/litro, ao passo que, em 2019, o valor foi de R$ 1,2191/litro.
