O Rio Jequitinhonha apresenta uma extensão de 920 km. Suas nascentes estão localizadas na Serra do Espinhaço, no município de Serro, MG, a uma altitude de aproximadamente 1.300 m; e a sua foz, no Oceano Atlântico, no município de Belmonte, BA.

Seus principais afluentes são os rios Itacambiruçu, Salinas, São Pedro e São Francisco, pela margem esquerda, e os rios Araçuaí, Piauí e São Miguel, pela margem direita.