A precipitação dos maiores volumes anuais ocorre nas áreas próximas à nascente e, principalmente, próximo à foz do Rio Jequitinhonha. Quase toda a área do chamado Médio Jequitinhonha permanece ao abrigo das influências marinhas, e, apenas excepcionalmente, as “chuvas de neblina” ultrapassam a cidade de Almenara, caindo sobre as chapadas, concentrando-se no Baixo Jequitinhonha e em parte do curso médio. No Médio Vale do Jequitinhonha, há locais que chegam a 9 ou 10 meses sem chuva ou com precipitação escassa, apresentando altos níveis de aridez.

Em termos sazonais, principalmente na região do Alto Jequitinhonha, verifica-se alta concentração das chuvas nos meses de novembro a janeiro, com forte período de estiagem entre junho e agosto. Já no Baixo Jequitinhonha, próximo à foz, não foi observada variação sazonal expressiva ao longo do ano, não ocorrendo período de estiagem sazonal na área mais próxima à foz, no estado da Bahia.